Yûgi Mutô est un garçon dont le point faible est d'être trop gentil, il se faisait continuellement embêter par les autres. Un jour il reçoit de son grand père un objet trouvé lors d'une fouille en Égypte : le puzzle du Millénium. Cet objet antique n'a encore jamais réussi à être assemblé par quiconque, mais le jeune yûgi réussi finalement à l'assembler.

À cet instant est libéré l'esprit d'une autre personne, enfermé jusqu'alors dans le puzzle du millenium : Yami, un esprit sûr de lui et ne reculant jamais devant rien.Yami habite le corps du jeune garçon,c'est en fait un ancien prince d'égypte qui vivait depuis dans le puzzle du millenium.Avec Yugi,ils seront inséparables.Peu de personnes se rendent compte qu'ils ont affaire à deux Yugi. Il est spécialiste de tous les types de jeu. Il est d'ailleurs le maître du jeu des ombres. Mais pour une raison inconnue, Yami ne se souvient pas de son passé, il ne sait pas qui il est.

Après de successifs affrontements contre son grand ennemi Seto Kaïba au duel de monstres, Yami découvre petit à petit sa véritable identité, celle d'un pharaon qui a vécu il y a 5000 ans, et dont l'esprit à été scellé dans le puzzle du millénium. La clé de sa victoire contre les force maléfiques du temps où il régnait sur l'Égypte est en fait son propre nom. Il s'agit du pharaon Atem