Ere cosmique 72. La guerre d'un an et demi entre l'alliance terrestre et PLANT s'est finalement terminée après la bataille de Yakin Due. A la suite de négociations, un traité d'accord de paix à été mis en place sur les lieux même de la tragédie de Junius 7. Cependant les tensions sont toujours présentes avec les menaces persistantes de Blue Cosmos.
Durant une conférence entre le président de PLANT Gilbert Dullindal et la représentante de Orb, Cagalli Yula Athha, au sujet de la menace d'une nouvelle arme, un groupe de l'alliance attaque la base de ZAFT où a lieu le rendez-vous et s'échappent avec trois Mobile Suit Gundam. Ne pouvant rester sans agir, Athrun rejoint alors le nouveau vaisseau de combat Minerva et part à la poursuite de l'ennemi avec Shinn Asuka de ZAFT...