L'histoire se passe dans le monde de Clow. Sakura, la princesse du royaume perd la mémoire à la suite d'un accident pour le moins étrange.
Yukito, le prête mage envoi alors Shaolan, l'ami d'enfance de Sakura, à travers l'espace dans un autre univers pour rencontrer la sorcière Yuuko. Arrivent alors également devant la sorcière Kurogane, un combatant qui fut exilé de son pays par la princesse Tomoyo ainsi qu'un Fye un puissant Mage.
Yuuko explique alors à Shaolan qu'il doit voyager d'un monde à un autre afin de collecter des fragments de mémoire de Sakura. Néanmoins, même si celle-ci retrouve sa mémoire, elle ne pourra pas se rappeler de Shaolan, c'est le prix à payer.
Accompagné donc de Fye, Kurogane et d'une créature magique du nom de Mokona, Shaolan par à l'aventure, à travers l'espace et le temps.